En septiembre de 1539, Pizarro ordenó a los cordobeses Díaz Arias y Gómez de León la fundación de una villa que una el Cuzco con la parte más cercana del litoral y contar con una ubicación estratégica militar y comercial.

Hasta poco antes del surgimiento del Imperio Incaico existían en lo que hoy es la ciudad de Arequipa algunos conglomerados nómadas que vivían dedicados a actividades tales como la caza, la pesca y la recolección de frutos autóctonos de la zona,